ارزیابی دارو و داروخانه ها یکی از کارهایی که هر چند ماه یکبار از کلیه ی داروخانه های کشور به عمل می آید تا بدین طریق بتوانند از وقوع هر گونه تخلف احتمالی جلوگیری نموده و از طرفی کیفیت ارائه خدمات دارو و داروخانه ای را افزایش دهند. در این ارزیابی معمولا فاکتورهای متعددی از جمله چگونگی فضای داروخانه ،دارا بود مجوز تاسیس داروخانه، نحوه ارائه خدمات، چگونگی و محل ساخت داروهای ترکیبی، انبار نگهداری داروها و سایر لوازم و تجهیزات پزشکی مورد بررسی قرار می گیرند. مهمترین این عوامل که امروزه بسیار مورد توجه قرار می گیرد حضور مسئول فنی در داروخانه می باشد. طبق نظر کارشناس رسمی رشته داروسازی و سم شناسی، عدم حضور مسئول فنی در داروخانه جرم محسوب می شود چرا که بسیاری از وظایف حساس داروخانه از جمله شرایط نگهداری دارو، بررسی کردن داروها از نظرتاریخ انقضا آنها، جلوگیری از ورود داروهای قاچاق، و از همه مهمتر نسخه پیچی بر عهده این فرد می باشد.

در صورت بروز هر نوع تخلف یا ارائه هر نوع شکایت به دادگاه مبنی بر کشف محل های احتکار داروهای غیر مجاز، قاچاق و یا تاریخ مصرف گذشته و گزارش آن بر دادگاه، این وظیفه کارشناس رسمی دادگستری داروسازی است که به بررسی صحت و سقم این ماجرا  بپردازد. کارشناس همچنین با اطلاع داشتن از قیمت های همه ی انواع داروها، اقدام به تخمین قیمت داروهای احتکار شده، تشخیص داروهای قاچاق، و تعیین داروهایی که تاریخ مصرف آنها رد شده است، گزارشی تهیه کرده و به مراجع مربوطه ارسال می نماید.

یکی دیگر از معضلات، اخذ مجوز تاسیس داروخانه توسط فرد غیر داروساز می باشد، از آنجاییکه یکی از شرایط تاسیس داروخانه داشتن مدرک دکترای داروسازی، یا داشتن فردی داروساز به عنوان مسئول فنی داروخانه می باشد، در این میان یکسری افراد سودجو از موقعیت مالی خود استفاده کرده، و با استخدام یک داروساز اقدام به گرفتن مجوز به نام فرد مذکور می نمایند ولی کنترل همه امورات در دست موسس می باشد، لذا هر کاری از جمله، خرید و فروش داروهای قاچاق، بسته بندی ها و برچسب زنی های غیرمجازو حتی نسخه پیچی در عدم حضور مسئول فنی ...  را انجام می دهند در اینصورت داروخانه ها بیشتر به جای اینکه در خدمت حفظ سلامت مردم باشد به یک مرکز تجاری تبدیل می گردند، در  این صورت کارشناس رسمی داروسازی  با بررسی تمامی اسناد و مدارک و آگاهی از نحوه ی بسته بندی، نگهداری و انبارداری داروها گزارشی جمع آوری نموده و به دادگاه  جهت صدور حکم ارسال می نماید.

در رابطه با ارزیابی داروها نیز بایستی عوامل متعددی از جمله برچسب اصالت، مشخصات دارو، نحوه صحیح بسته بندی آنها ( چه از نظر نوع محصول با مشخصات مربوطه و چه از نظر درب مطمئنه ی دارو جهت جلوگیری از برزو آلودگی های میکروبی و عدم دسترسی کودکان به دارو)، اطمینان از دوز و ترکیبات موثر موجود دردارو و ...مورد بررسی قرار می گیرد. گاهاً یکسری نواقصی در داروها گزارش می گردند که بسیار بحرانی می باشند در صورت تایید هر کدام از نواقصات از سوی کارشناس رسمی داروسازی و سم شناسی دستورریکال این داروها صادر می گردد چرا که این داروها از نظر کیفیت، اثرگذاری و ایمنی دارای خطرات جدی بر سلامتی انسان ها می باشند.به عنوان مثال در سال های اخیر داروی هپارین به اشتباه در بسته های مربوط به داروی رانیتیدین قرار داده شده بودند که بلافاصله بعد از آگاهی، دستور جمع آوری آنها از سطح داروخانه ها صادر گردید.